Εισαγωγή στις μεθόδους της μοριακής επιδημιολογίας και των εφαρμογών τους στη μελέτη επιδημιών που προκαλούνται από παθογόνα

 

Εισαγωγή στις μεθόδους της μοριακής επιδημιολογίας και των εφαρμογών τους στη μελέτη επιδημιών που προκαλούνται από παθογόνα

Διδάσκοντες

Δημήτριος Παρασκευής

Γκίκας Μαγιορκίνης

Σκοπός του μαθήματος

Η εισαγωγή στις μεθόδους της μοριακής επιδημιολογίας και των εφαρμογών τους στη μελέτη επιδημιών που προκαλούνται από παθογόνα

Ευρύτερος Σκοπός και αντικείμενο

Ο σκοπός του μαθήματος είναι να αναδείξει τις εφαρμογές στατιστικών μεθόδων (μοριακής επιδημιολογίας) στη μελέτη επιδημιών και τη σημασία των μεθόδων αυτών για τη δημόσια υγεία. Το αντικείμενο της μοριακής επιδημιολογίας αποτελεί:

  • Η εξοικείωση με το αντικείμενο της μοριακής επιδημιολογίας
  • Το πεδίο εφαρμογών των σύγχρονων μεθόδων μοριακής επιδημιολογίας στη μελέτη επιδημιών που προκαλούνται από παθογόνα
  • Τα ποσοτικά και ποιοτικά χαρακτηριστικά που είναι δυνατόν να εκτιμηθούν
  • Παραδείγματα αποτελεσμάτων από μελέτες μοριακής επιδημιολογίας
  • Η σημασία των μεθόδων μοριακής επιδημιολογίας για τη δημόσια υγεία

Εκπαιδευτικοί στόχοι

Ο βασικός εκπαιδευτικός στόχος είναι η ανάδειξη των εφαρμογών στατιστικών μεθόδων στη μελέτη επιδημιών και των εφαρμογών τους στη δημόσια υγεία. Το μάθημα στοχεύει στην εξοικείωση των φοιτητών με το αντικείμενο της μοριακής εξέλιξης, των στατιστικών μεθόδων της μοριακής επιδημιολογίας, των περιορισμών των μεθόδων, των εφαρμογών τους και της σημασίας τους στη δημόσια υγεία.

ΤΙ ΑΝΑΜΕΝΕΤΑΙ ΝΑ ΓΝΩΡΙΖΕΙ Ο ΦΟΙΤΗΤΗΣ ΜΕΤΑ ΤΟ ΠΕΡΑΣ ΤΟΥ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ

  • Nα γνωρίζει τις μεθόδους μοριακής επιδημιολογίας και τους περιορισμούς τους
  • Να έχει εξοικοιωθεί με τα βασικότερα προγράμματα μοριακής επιδημιολογίας
  • Τα γνωρίζει τα ποσοτικά και ποιοτικά χαρακτηριστικά που εκτιμώνται με μεθόδους μοριακής επιδημιολογίας

Περιεχόμενο

ΘΕΜΑΤΙΚΕΣ ΕΝΟΤΗΤΕΣ-ΥΛΗ

1η θεματική ενότητα

Το αντικείμενο της φυλογενετικής ανάλυσης

2η θεματική ενότητα

Στοίχιση αλληλουχιών

3η θεματική ενότητα

Αρχές μοριακής εξέλιξης – Μοντέλα νουκλεοτιδικής αντικατάστασης

4η θεματική ενότητα

Φυλογενετική ανάλυση χρησιμοποιώντας μεθόδους απόστασης (distance methods) και μέγιστης φειδωλότητας (parsimony)

5η θεματική ενότητα

Φυλογενετική ανάλυση χρησιμοποιώντας τη μέθοδο μέγιστης πιθανοφάνειας (maximum likelihood)

6η θεματική ενότητα

Εφαρμογές Μπεϋζιανής (Bayesian) στη φυλογενετική ανάλυση και στον υπολογισμό του ρυθμού νουκλεοτιδικής αντικατάστασης (μοριακό ρολόι)

7η θεματική ενότητα

Μέθοδοι ανάλυσης ανασυνδυασμού (recombination) – φυλογενετικής δυσαρμονίας (phylogenetic discordance)

8η θεματική ενότητα

Moριακό ρολόι

9η θεματική ενότητα

Φυλοδυναμική ανάλυση – εφαρμογές μοριακής επιδημιολογίας

Μέθοδοι διδασκαλίας

Οι μέθοδοι διδασκαλίας περιλαμβάνουν διαλέξεις και εργαστήρια. Τα εργαστήρια πραγματοποιούνται σε μικρές ομάδες προκειμμένου οι φοιτητές να έχουν στη διάθεση τους Η/Υ για να πραγματοποιούν τις σχετικές ασκήσεις. Επίσης δίνεται η δυνατότητα στους φοιτητές να συμμετάσχουν σε ερευνητικά προγράμματα μοριακής επιδημιολογίας προκειμένου να εξοικειώνονται με τον ερευνητικό σχεδιασμό και τη διεξαγωγή της έρευνας.

Μέθοδος αξιολόγησης

Η αξιολόγηση γίνεται με γραπτές εξετάσεις

Προοπτικές μαθήματος

Μέχρι σήμερα έχουν εκπονηθεί περισσότερες από 20 διπλωματικές εργασίες στο μάθημα της μοριακής επιδημιολογίας μαζί με έξι διδακτορικές διατριβές (οι 3 έχουν ολοκληρωθεί και οι άλλες 3 είναι σε εξέλιξη). Παράλληλα περισσότεροι από 10 φοιτητές έχουν απασχοληθεί σε ερευνητικά προγράμματα και έχουν συμμετάχει με επιτυχία στη διεκπεραίωση ερευνητικών έργων. Οι φοιτητές που συμμετείχαν και συμμετέχουν σε ερευντηικά έργα έχουν παρουσιάσει εργασίες σε εθνικά και διεθνή συνέδρια και έχουν συμμετάσχει σε δημοσιεύσεις σε peer-reviewed journals