Γενετική και Μοριακή Επιδημιολογία

Περίληψη

Σκοπός του μαθήματος είναι να παρέχει στους φοιτητές κατανόηση των βασικών εννοιών της μοριακής και γενετικής επιδημιολογίας και των μεθοδολογικών εργαλείων και μεθόδων που χρησιμοποιούνται για δεδομένα ευρείας κλίμακας. Η ενότητα θα περιλαμβάνει τον κατάλληλο σχεδιασμό μελέτης για τις μοριακές και γενετικές επιδημιολογικές έρευνες, την στατιστική ανάλυση μελετών σάρωσης του γονιδιώματος καθώς και την σύνθεση τους, μεθόδους βιο-πληροφορικής και μεθοδολογικές προσεγγίσεις για δεδομένα ευρείας κλίμακας.

Περιεχόμενο μαθήματος

Διαλέξεις

 

Πρακτική Άσκηση

Εισαγωγή στη γενετική επιδημιολογία (1h)

Σχεδιασμοί μελετών στη γενετική επιδημιολογία (1h)

Εισαγωγή στο UNIX, PLINK. Αναζήτηση πληροφορίας σε πλατφόρμες βιο-πληροφορικής.

Διαλέξεις

Πρακτική Άσκηση

Μελέτες σάρωσης του γονιδιώματος (GWAS) I (2h)

Ανάλυση δεδομένων GWAS (QC, imputation, graphical tools)  (2h)

Διαλέξεις

Πρακτική Άσκηση

Μελέτες σάρωσης του γονιδιώματος (GWAS) II (2h)

Σύνθεση δεδομένων GWAS (one and two stage GWAS meta-analysis) (2h)

Διαλέξεις

Πρακτική Άσκηση

Αλληλεπίδραση γονιδίων-περιβάλλοντος

Πρακτική άσκηση ανάλυση δεδομένων GWAS με αλληλεπίδραση (gene-gene, gene-environment interactions) (2h)

Διαλέξεις

Πρακτική Άσκηση

Μεντελιανή Τυχαιοποίηση (Mendelian Randomisation) I (2h)Πρακτική άσκηση Mendelian Randomisation (genetic instruments) (2h)
Διαλέξεις

Πρακτική Άσκηση

Mendelian Randomisation II (2h)

Πρακτική άσκηση Mendelian Randomisation II (one and two sample MR methods) (2h)

Διαλέξεις

Διαλέξεις

Σχεδιασμοί μελετών στη μοριακή επιδημιολογία (2h)

Μεθοδολογίες οmic και το εκθεσίωμα (exposome)

Διαλέξεις

Πρακτική Άσκηση

Βιοδείκτες (Exposure and Effect/ Validity and Confirmation of Association (2h)

*-WAS προσεγγίσεις (*-WAS: univariate approaches – multiple correction strategies)

Διαλέξεις

 

Πρακτική Άσκηση

Πολυμεταβλητή  ανάλυση με δεδομένα omics  – επιλογή μεταβλητών (variable selection methods)

 

Συζήτηση δημοσιευμένης εργασίας και παρουσίαση σε ομάδες